中国社会科学院考古研究所是在北平研究院史学研究所和中央研究院历史语言研究所一部分的基础上发展起来的。1950年5月开始筹建，同年8月1日正式成立。当时属中国科学院领导，是中国科学院建院初期成立的第一批研究所之一。1977年中国社会科学院成立后，考古研究所成为中国社会科学院所属研究机构。

中国社会科学院考古研究所藏西夏文文献出自黑水城。1927年瑞典人斯文赫定和中国考古学专家徐炳昶组成中瑞西北考察团，中方考察团员黄文弼教授曾单独赴黑水成考察，他在黑水城中采集了文书残片数百件，现藏于中国社会科学院考古研究所。