研究院建有民族学一级学科博士后流动站、中国少数民族史博士点、中国古代史和中国少数民族史硕士点。博士后流动站与博士点设有中国民族史学理论与北方民族史研究、西夏历史与文献研究、回族历史与社会研究、民族文化史研究等方向。硕士点设有西夏历史与文献研究、宋元历史与文献研究、西北历史与文献研究等3个研究方向。另外本院科研人员参与中国语言文学硕士点研究生的指导，负责古文献学研究方向。为了创新人才培养机制，本院设立“基于黑水城文献整理研究的研究生科研创新平台”、“少数民族历史文化与社会发展研究生论坛”，广泛吸收硕、博士研究生参加。